支援Docker容器技術是新版Windows Server 2016關鍵的新特色之一，也是打破Windows和Linux世界壁壘的其中一項關鍵。在微軟負責Docker技術研發團隊的微軟首席資開發首席John Starks就透露，最大困難是，Docker源自Linux核心的系統層功能，如控制資源的控制群組機制cgroups、命名空間Namespaces，還有實現層級化功能的共通檔案系統AUFS等，這些都是在Windows所沒有的功能。 早在2014年6月，微軟有意將Docker專案複製到Windows環境上時發現，「需要推出新版作業系統才能解決這個問題，這也就成了Windows Server 2016要實現的功能。」John Starks說。
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